当微生物受到严重损伤且大量死亡而又抢救无效时，应立即向当地环保主管部门申报备案，并立即更换活性污泥。然后查明原因，防止类似事故的再度发生。只要申报及时，在更新、驯化污泥期间向外排放的废水可以不作排污罚款处理。
微生物大量死亡的原因一般包括：
1、负荷太低或者太高；
2、溶解氧过低，一般在2-4mg/L；
3、有毒性物质；
4、营养物质比例失调，C:N:P=200：5：1；
5、温度过高或者过低，低于7°或者高于35°；
6、重金属中毒，铜、铬、汞等；
7、盐分过高，一般超过3000mg/L，微生物难以生存，嗜盐菌可达5000+mg/L
所谓活性污泥的培养，就是为形成活性污泥的微生物提供一定的生长条件，在这种条件下，经过一段时间，就会有活性污泥形成，并且在数量上逐渐增长，并后达到处理废水所需的污泥浓度。
生活污水厂的培菌过程较为简单，而有毒有害工业废水的培菌有一定的难度，污泥驯化的时间也较长，一般来说对于工业污水，我们常采用干污泥培菌法，就是从正常运行的成品生化池中取脱水后的干污泥(含水率在80%左右，脱水时不能加药)作为菌种源进行培菌。为了让菌种能尽快地适应有毒有害的工业废水，好选用同类型的、或相同类型的成品生化池中脱水后的干污泥作为菌种源。